債権譲渡登記について

原則として、自動的にバレることはありません。
登記情報は「請求して、手数料を払って取得しなければ確認できない」仕組みです。取引先が積極的に登記情報を調べない限り、登記の事実が伝わることはありません。 ただし、信用調査会社や金融機関が定期的に取引先を調査している場合、その過程で発覚する可能性はゼロではありません。

登記費用は弊社が負担いたします。

これは誤解です。登記は法律で認められた正規の対抗要件具備方法であり、登記すること自体が問題ではありません。
重要なのは、登記の必要性をお客様に丁寧に説明し、費用負担を明示し、合意のうえで行うかどうかです。

弁済完了後に「抹消登記」が行われます。
ベストファクターではそれらの費用が一切かかりません。

違法ではありません。債権譲渡登記は「対抗要件を備える方法の一つ」であり、登記なしのファクタリングも合法的に成立します。
当事者間の合意で対抗要件をどう備えるかが選ばれます。

ベストファクターが全て負担いたします。